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久违地来到了弦神岛的古城的父亲·牙城。和古城的再会早早地，带着凪沙回到了本土。留下的古城和雪菜和朋友们一起享受过年的初次参拜时，魔法阵放映出来的谜的邮件从风沙中送来。认为无法与凪沙取得联系的古城，就试着求浅葱来探寻牙城的动向——！？
为了确认凪沙的安危，古城的古城。但是，从那月开始就受到了意想不到的约束。虽然为了帮助尼娜和夏音的帮助而痛苦地逃跑，那月的跟踪很严格，古城被囚禁在那月的监狱结界……。在监狱结界与“本来的姿态”的那月对峙的古城，如果从被卷入的夏音中吸血的话，会让新的眷兽觉醒！！
这是带沙尘来到本土的根据地。来到老家的神绪多神社，不知为何被作为母亲的红纱乃拘留。在神绪多神社的某神绳湖周边，由于狮子王机关和自卫队，某个作战计划被决定了……。另一方面，不知道那样的情况，在温泉伸展羽毛的凪沙的基础上，有狮子王机关的“三圣”一人，黑奈出现了——。
来到了本土，在古城们身边赶走的浅葱和利迪亚纳。路上被魔兽群袭击，被褐色皮肤的少年救了。少年的名字是夏娃面纱。这是一个统称灭亡王朝的第二真祖直系王子。另一方面，狮子王机关和自卫队的作战，被纠纷发现失败。虽然是在混乱的时候解开了拘留的牙城，但是受到翼龙的神秘骑士的袭击！
沉睡在神绳湖湖底的龙族少女格兰达。被要求将她的身份传递出来的自卫队的情况不审的古城拒绝的话，队员们将自卫队的车辆陷入苦头，袭击古城！一系列的骚动的黑幕，是在自卫队中混入的圣经派的行为。而古城却因出现了真实身份的圣经派魔具的力量而被送往虚无世界——！？
古城等人解决了本土的圣歼派事件，并回到弦神岛，但当他们到达时，却接连发生原因不明的船舶事故和飞机失事，导致弦神岛陷入孤立状态。雪菜推测这一异常事态的原因可能是风水术引发的军事术式，而那月则猜想到了能够操纵如此规模术式的术士人选。那月所说出的，乃是魔导恐怖组织“地狱蔷薇”。而他们下一次发动的恐怖袭击的目的是——！？
从本土回到了弦神岛的古城一行人，再次回到了日常的学园生活。然而古城却发现妹妹的凪沙样子有点奇怪，以及班级上的人数近一半都不在。原来是因为这两天弦神岛上发生的事故异常的增多。而后古城和雪菜被南宫叫到了办公室……
救助了凪沙的神秘女性·狄珊珀，古城似乎从她身上想起了某些事情。与此同时，南宫找到了千贺毅人的所在处，为了阻止“深渊蔷薇”的发动，两人开始了激斗。而后，古城和雪菜也打算加入其中，没想到的是狄珊珀出现在了两人面前……
“深渊之陷”所设下的病毒，会吸取弦神岛上魔族们的魔力。吸取的魔力再聚集在一起，巨大的“深渊蔷薇”出现在了岛屿的上空。虽然纱矢华等人一起对它发起了攻击，但是在持续供给的魔力的作用下完全没有任何效果。与此同时在废弃区，古城与狄珊珀的最后一战也开始了……
虽然解决了“深渊之陷”一事，但是弦神岛上还有着许多kbfz。古城等人也参与了城市复原的志愿活动，而浅葱更是由于拯救了小岛而作为超强的美少女黑客受到了大家的瞩目，成为了偶像般的明星。与此同时，雪菜对于自己身体所发生的“某个异变”，由于找不到合适的对象商量而在独自承受着……
在新的波折的预感面前，幕间的故事——围绕着“圣歼”和瓦特拉的战斗中取得胜利的古城和雪菜。
虽然已经把弦神岛作为自己的“夜之帝国”而成为实质性的岛屿支配者的古城，却过着与以前一成不变的日常生活。
但就在此时，弦神岛周边海域发生的原因不明的海难事故，由狮子王机关和太史局进行联合调查。
另一方面，古城被呼叫自己的声音唤醒。映入记忆模糊的他视线中的景象，是脸颊通红地蜷缩在自己睡的那张毛毯中，流着泪哭诉着的雪菜的容貌。
“前辈……我重要的东西不见了……”