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大霸星祭将近，学园都市逐渐变得忙力，常盤台中学的全校体育课结束之後，黑子和美琴一起前往内衣店，却因为初春通知有强盗事件发生，逼不得已赶回风纪委员分布。依照监视器影像，一群人在争夺一个行李箱，而且箱子有第23学区的标志，确认是能隔离宇宙射线的特殊箱子。黑子前去接触这些看似学园都市外部的人们，并且轻易制服他们夺回箱子，却忽然遭受到神秘少女的袭击，使得箱子再度被抢走。拥有“瞬间移动”系能力“坐标移动”的这名少女，不知为何知道黑子的姓名与所属单位，甚至还说出美琴的名字。
黑子目睹美琴与“坐标移动”的结标交战，并且听到美琴所说的话。为了守护美琴的世界，黑子决定寻找逃亡的结标与其交战。“空间移动”能力者之间的战斗是在瞬间定局，黑子错失先机而受制，结标则是藉机述说自己的计画。她要和外部组织“科学结社”联手，将“树状图设计者”复原，而且也邀请同为高等能力者的黑子加入。然而黑子绝对无法容忍那个践踏美琴内心的计划重新启动，因此断然拒绝并尝试进行最后抵抗。另一方面，掌握结标等人动向的“妹妹们”，也为了阻止计划展开行动，两名少年就这样回应她们的请求挺身而出。
学园都市所有学校共襄盛举的大规模运动会“大霸星祭”。这是学园都市少数对外开放的活动，还没开幕就已经盛况非凡，一如往常被美琴缠上的上条，答应了“输了就愿意听对方的任何命令”这个条件，以大霸星祭的各校总成绩一决胜负。然而上条前去参加第一项竞赛“推杆”的时候，却看到同学们毫无干劲的模样，使得他和美琴的赌注早早就出现危机，然而在这个时候，小萌老师却在体育馆后面，被对方学校的老师瞧不起了。看到老师脆弱的身影，上条等人团结一致，夹带着杀气冲向对方的阵地。另一方面，在快乐热闹的气氛背后，罗马正教雇用的“送货人”悄悄潜入了学园都市。
能够将圣人一击毙命的灵装“刺突杭剑”被带进学园都市。上条从土御门他们那里得知这个消息之后，协助他们在大霸星祭寻找灵装。上条巧遇本次的当事人，也就是“送货人”欧莉安娜·汤森，与土御门和史提尔会合之后继续跟踪，却中了她设下的陷阱。虽然上条以右手解除危机，却使得欧莉安娜趁机逃离。土御门在史提尔的协助之下，使用魔法寻找欧莉安娜的所在处，但连这个魔法都被欧莉安娜看穿，史提尔因而中了陷阱受伤。土御门为了解除欧莉安娜的陷阱而使用另一项魔法，然而在找到陷阱位置之前，史提尔必须备受折磨，是一种极为残酷的方法。
即使好不容易解除陷阱，欧莉安娜的魔法却害得吹寄昏倒。欧莉安娜把无辜平民卷入的这种做法，令上条大为光火。在史提尔的协助之下，上条和土御门追上欧莉安娜，却在最后关头被她搭乘无人公车逃走。即使史提尔灵机一动炸掉公车，欧莉安娜依然轻易走出火场，使用能瞬间写出魔道书原典的“速记原典”应战。在战斗中，曾经受伤的土御门陷入瘫痪状态，千变万化的魔法也令上条吃尽苦头。后来上条以右手使出舍身一击逆转战局，欧莉安娜逼不得已放下“刺突杭剑”逃亡。原本以为只要上条以右手破坏“刺突杭剑”，这个事件就算是结束了，但是事实却不是这样。
“刺突杭剑”的真相是“使徒十字”，上条等人因而得知了丽多薇雅的真正目的。要是茵蒂克丝采取行动，外界的魔法师将会入侵，为了不让她发现这个事件，上条和父母、茵蒂克丝、美琴以及美琴的母亲美铃共进午餐还因为美琴和黑子误会，遭受到不讲理的攻击。另一方面，史提尔收到英国清教的回报之后，即使事态紧急，却还是被小萌老师指责不准抽烟，教训了好一阵子。如此宁静的休息时光，在土御门回报状况的时候宣告结束。在他的指示之下，三人赶往欧莉安娜的所在位置，由于欧莉安娜巧妙利用交通工具逃亡，土御门再度发动搜索术式！
土御门好不容易逼退欧莉安娜，然而继吹寄之后，姬神也被欧莉安娜打成重伤。这种不惜波及普通人的作风，使得上条倍感愤怒。不过对于欧莉安娜来说，这其实是预料之外的状况。为了避免犯下星同的错误，必须以“使徒十字”统治学园都市――欧莉安娜继续为了这个目的而采取行动。另一方面，正在追捕她的上条，察觉她的行动暗藏玄机。英国清教查出“使徒十字”的使用方式与星座相关，但是没能查出关键核心，上条只能继续寻找欧莉安娜。在这个时候，调查欧莉安娜行踪的土御门察觉到一件事。
接到英国清教的后续报告之后，上条等人得知“使徒十字”的使用条件了。好不容易查出欧莉安娜的目的地“天文台”之后，土御门使用“秘技”前往该处――第二十三学区的实验机场。欧莉安娜出现在他们的面前，以陷阱打倒土御门，并且运用“速记原典”使出千变万化的攻击，令上条和史提尔陷入苦战。天空逐渐变暗，要是入夜之后看得见星座，“使徒十字”就会发动。上条和史提尔毫无默契的攻击，终于突破了欧莉安娜的防守，好不容易逆转战局，然而伤痕累累的欧莉安娜，说出自己战斗的理由、寻求的解答，并且报出魔法名。就这样，双方以浑身解数进行最后的对决。
大霸星祭的最后一天，进行了总人数预测的比赛，身为不幸代言人的上条，却不知为何抽中北意大利七天五夜的免费双人游！就这样，上条带著不知为何也有护照的茵蒂克丝启程旅行，不过他理所当然在起飞机场遭遇状况，抵达意大利之后又被当地导游放鸽子，只得自行前往旅馆，而且唯一能担任口译的茵蒂克丝也无故失踪了。上条就这样独自在人生地不熟的基奥贾徘徊，不过在这个时候，他遇见了救星奥索拉。奥索拉直到不久之前都住在意大利，上条就这么前往她在这里的住处。
运河忽然出现巨大的冰船，上条和奥索拉就这样来到船上，并且遇到意外的人物――雅妮丝。冰船是大规模灵装“女王舰队”的护卫舰之一，雅妮丝正在协助寻找入侵者。她因为在“法之书”事件扛下罪责，所以与部队修女们成为舰队上的劳工。她向上条和奥索拉提出交易，想逃离这里就必须听她的话，交易内容则是救出露琪亚和安洁莉娜。在雅妮丝的恳求之下，上条好不容易解救两人，并且得知雅妮丝将会因为某个术式的发动而丧生。
受到天草式拯救的上条等人，在他们的协助之下，前去搭救雅妮丝，露琪亚与安洁莉娜也一起进攻“女王舰队”，与昔日的同伴们交战。另一方面，上条、茵蒂克丝与奥索拉抵达旗舰“亚德里亚海女王”，一边破坏内部一边寻找雅妮丝。上条受到冰铠甲的攻击而与两人失散，并且遇见罗马正教的司祭彼亚吉欧。上条拥有“拒绝天主恩惠”的右手，使得彼亚吉欧无法掩饰厌恶的情绪，使用十字架相关的术式攻击上条，在这个时候，茵蒂克丝与奥索拉抵达雅妮丝所在的中枢地带。奥索拉将露琪亚她们的想法转达给雅妮丝，彼亚吉欧却在此时现身。
大霸星祭的某项约定即将实现，使得美琴每晚享受着舒适睡眠与美好梦境，同房的黑子则是被这位心爱姐姐大人的甜美梦话，影响得每晚苦恼难耐无法阖眼。另一方面，一方通行与最后之作出院之後，借住在芳川的某个朋友家。拥有特殊力量的两人来到的住处，是与研究机构毫无关系，极为平凡的教师——“警备员”黄泉川爱穗的家。意大利之旅败兴而返的上条，则是跟土御门与蓝发耳环轻松闲聊，因为出言不慎而被吹寄施以暴力制裁，过着平凡的日常生活。这样的上条，即将被迫向美琴履行约定。