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“叮！已抵达《幻星神》！”
450年前的日本战国时期，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星神，负责保护地球这一神圣使命。
一场星际战争，让人类文明在遥远的星球上开花结果。一个战乱纷飞的年代，涌现出无数的英雄人物，让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三个力量拯救地球！
此时的白洛辰还在沉睡中！！！！！
因为战败而遭到幻神星人「娜伦」所封印的哈迪斯大帝，于450年后的现代再度复活，为了支配全宇宙，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。然而在此同时，幻星神兽雷零守亦因此觉醒，而原本平凡的高中生「伊达翔太」也在命危之际，化身成为红莲星神，进而得知娜伦所留下的讯息。
自从宇宙巨兽首次出现后，就让三个人开始镇日若有所思。一个是对自己的幻星神身分感到迷惘的翔太，一个是同所学校的真田由加，另一个则是始终默默在一旁观察的大学生。一日，正当由加打算进一步询问翔太之际，机动骑士萨拉斯竟然再度现身！眼看由加因为遭到攻击而不省人事，怒气爆发的翔太终于再次变身，甚至经由娜伦的指示，与幻星神兽雷零守*进行合体。
自知背负着保卫地球使命的翔太，决定再开始练习剑道。另一方面，目睹翔太变身的由加，决定对他说出自己内心的秘密，但却因为遭到机动骑士摩尔吉斯的攻击而作罢。当摩尔吉斯再度出现于翔太面前时，翔太因为变身器落入敌方之手而无法变身，就在绝命之际，由加竟然跳入战场，并且当着翔太的面武装，变身为第二名幻星神．影丽！
曲棍球大赛即将到来，由加也变得更加认真，就在她与理绪、麻美一同在公园练习之际，摩尔吉斯再度现身，最要好的朋友也因此受到连累，所幸翔太即时前来救援。然而，面临经过改造的摩尔吉斯，红莲与影丽却是吃尽了苦头，就在危急之际，一名自称刚徒星神的男子伸出了援手，但是却又在击败敌人之后随即失去踪迹，留下令翔太与由加百思不解的谜团……
在与摩尔吉斯的战斗中，自从为刚徒所救后，就让影丽对这位新战友念念不忘，决定将他找出。另一方面，由于所派出的机动骑士接二连三挫败，让佐拉博士决定亲自出马，而这次的战斗，也让翔太与由加终于确定第三名刚徒星神，正是就读京南大学的平贺真也，只是真也对于三人联手似乎有所排斥……
深知自己所背负的使命，天堂澪决定前往东京寻找三名勇者。另一方面，正当由加与真也进行沟通时，却遭到机动骑士基鲁多洛斯的攻击，而他正是佐拉博士诈死以获取幻星神力量数据的杰作，让行动完全被看穿的三名幻星神顿时陷入危机。就在此时，天堂澪出现在现场，并让翔太召唤能够赋与幻星神兽雷零守全新力量的星神兽——炎凰星神兽！
天堂澪的出现，让翔太等人对幻星神有了初步的了解。就在此时，佐拉博士的爪牙再度现身，但却丝毫不恋战，成功破坏石碑上的金属板之后便随即离去，让翔太等人感到十分困惑。原来佐拉博士决定改变战略，以解除哈迪斯大帝的封印为优先考量。面对敌人不寻常的举动，也让翔太等人开始把注意力放在金属板上。