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马休在库洛山附近的米亚山谷抓捕武装天龙，得知达克斯正经库洛山，便派代飞前去引开达克斯。此时在库洛山，一名记者前来采访达克斯成员们，大家都很开心，唯有伊格一脸淡寞，狄文见伊格情绪低落，便跟踪伊格想探个究竟，却意外听到伊格准备辞职离开达克斯的消息。
原来，伊格从小的梦想是成为一名优秀的召唤者，可是他却天生没有连系能力，为了证明自己，伊格努力成为达克斯的队长。在目睹天宇等人一次又一次的成长后，他认为自己已不够资格担任队长，告辞离开。这时，大篷车突然接获报警-卡缇森林附近发现塔图行踪。众人联系不上伊格，只能先行出击，由凌宇轩去寻找伊格。大篷车行到卡缇森林时，中了代飞的电磁网陷阱，大家陷入慌乱。伊格和凌宇轩紧急赶来，在伊格冷静的指挥下，大篷车突破了电磁网的封锁，达克斯众人也帮助伊格解开了心结。这时，马休抓捕到了传说中的三魄神之一-武装天龙。马休的计划又前进了一步，整个大陆开始笼罩在黑暗的阴影之中。
彭杰、向蒙等人奉马休之命在康景村附近的山谷开采稀有破天石，为以后控制赤焰雄狮做准备。与此同时，达克斯为了补给物资，在康景村停留，并为大家表演杂技。彭杰等人在处理稀有破天石的时候出现意外，发生剧烈爆炸惊动了达克斯。天宇、左木、乌鲁鲁三人前来查看，跟彭杰等人交战。
超进化之后的神魄实力大增，彭杰等人的机械神魄很快被压制。正当天宇等人以为可以抓捕他们的时候，一艘巨大的飞行艇出现。马休登场，展示被它驯服的两魄神-武装天龙和破灭钝鳄。它们强大的气场很快压制了天宇等人的神魄，天宇三人不肯就此认输，强行出招，但是立刻就被两魄神反制。当伊格等人赶到时，天宇三人已经大败，马休等人乘着飞行艇离开。马休离开时声称，下一次见面才是真正的战斗。
马休和两魄神的登场震惊了达克斯全员！伊格紧急联系高博，请求召开三方会谈，共商三魄神问题。在新格兰云海上空飞行的巨型飞船上，马休正和一名神秘的博士通话，博士称，只有将武装天龙的研究资料传送到他手中，马休才能得到最後一笔研究资金。马休命令向蒙加快稀有破天石的提炼进度。回到托里亚的伊格，向托里亚、新格兰和西鲁亚三国国王出示了两魄神重现大陆的证据。
众人震惊，伊格请求三方能协同合作，尽一切力量找寻塔图的本部所在，在状况还没有变得更糟糕之前，由达克斯一举出动击毁塔图。此时，留守新格兰的天宇，也从隐翅虫口中，得知了三魄神的全部传说，了解了这个世界的本源。接到出发命令的达克斯大篷车，接照伊格的指令向著达洛城挺近。这时，托里亚城，在送别伊格的行阵后面，神秘的博士现身，他居然是罗琳女王身边的雷傲博士。雷傲和马休，看起来似乎正联手实施着一项可怕的实验计划。
达克斯一行到达晓光城。天宇和赤焰雄狮遇到贾福，贾福告诉天宇，一到晚上夜深人静的时候，魔笛就会被吹响，神魄就会不见了。话刚说完，就传来一阵笛声，天宇发现他感应不到赤焰雄狮的存在，便四处寻找，这时撞上了凌雨辰、罗茂、博涛三人，他们的神魄也不见了。这时，罗茂的夥伴魏星带来了赤焰雄狮的消息。天宇等人根据魏星的线索，找到了代飞的基地。原来，代飞使用马休给他的“神魄之笛”，可以轻易切断召唤者和搭挡神魄之间的连系，甚至能使神魄听从代飞的命令。代飞使用神魄之笛，操纵了赤焰雄狮。为了唤醒赤焰雄狮，天宇让重明鸟神魄进化，与失去自我意识的赤焰雄狮进行战斗。
赤焰雄狮实力大大减弱，凌宇轩指出，这不是赤焰雄狮的问题，而是代飞的实力相比天宇，实在太弱。代飞生气抓狂，天宇抓住时机，令重明鸟发出绝招，终於唤醒赤焰雄狮，神魄之笛碎裂。代飞被超进化的烈焰狂狮轰飞。然而，众人的高兴并没能维系多久，伊格带来了让人震惊的消息——马休已经代表塔图，向整个大陆宣战！
马休向全世界发出宣战演说，达克斯前往塔图的总部基地-死亡之塔抓捕马休。马休早有准备，天宇在第一层遇到彭杰的阻拦。马休利用能量提升芯片把装甲巨像变成液体，让烈焰狂狮陷入进去无法动弹，彭杰不愿意牺牲装甲巨像，想让马休停手，马休镭射将他打伤。在第二层，左木遇到代飞。代飞把自己的身体和机械神魄融合在一起，展现出强大的战斗力。关键时刻神风朱鸟出现，与不死神鸟一起将代飞击杀。乌鲁鲁在第三层遇到黎可。
黎可要以自我毁灭的方式向小疾赎罪。就在她发动自毁式的攻击时，丛林潜伏者却在即将爆炸的时候把她甩了出去，乌鲁鲁告诉她，机械神魄也是有“心”的。彭杰不希望装甲巨像成为傀儡，用心去唤醒了装甲巨像，最后天宇让重明鸟用必杀技破除了马休对装甲巨像的控制，救出了烈焰狂狮，但同时，装甲巨像也奄奄一息。淩宇轩在第四层遭遇了改造后的向蒙，第四层发生了剧烈的爆炸。天宇三人赶到的时候，那里剩下一个和向蒙融为一体的雷暴机甲…
朝死亡之塔顶层突进的天宇众人面前，出现了向蒙，向蒙已被马休改造，拥有强劲的破坏本能。天宇呼唤向蒙，向蒙的意识渐渐苏醒，他反抗着马休，最终引起了雷暴机甲的自爆。天宇为救向蒙，一起陷入了爆炸的火海。危急时刻，传说中的巨神漩涡霸主出现，它启用神力，让时间停止，救下了天宇和向蒙。脱险的众人，继续朝上挺进。大量的人造神魄阻住了众人的去路。重明鸟、隐翅虫、超限机械兵等神魄挺身挡住了人造神魄大军。天宇、赤焰雄狮、左木、天翔飞鸟、乌鲁鲁、苍穹蛟龙终於来到死亡之塔最顶层。
马休在众人面前，召唤出破灭钝鳄和武装天龙。超进化之后的烈焰狂狮、不死神鸟和幻灭翼神龙使出必杀，全被两只三魄神消于无形，马休用稀有破天石，将天上的巨大能量引入死亡之塔，完全困住了烈焰狂狮，并告诉了天宇-三魄神的最后一只，就是烈焰狂狮。为了成为神的马休，一心想拥有三魄神的超强力量。马休企图黑化烈焰狂狮，令它觉醒，并被自己完全掌控。整个大陆陷入了巨大的危机之中！
白洛辰看着这一切说道：“快了，快结束了！！！”
白洛辰感受着自己体内的气息越来越强！