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故事讲述在22世纪的人类世界，一只身份来历不明的火恐龙横空降落在洛小熠等六名斗龙战士的生活城市，相继吸引了阿迪和六大守护龙前来人类世界，为了追踪火恐龙真相，阿迪与斗龙战士被不明光圈吸到另一个空间—阿莱达星基地。斗龙战士在阿莱达得知火恐龙出现人类世界的原因，为了阻止这些给人类世界带来危险的恐龙，斗龙战士肩负起维护正义和平使命，决定找回龙印。斗龙战士带着阿莱达发明的战斗拍档—宝贝龙开启维护和平及找回龙印的旅程！
六名战士将各自的战斗拍档烈古拉等六只宝贝龙送回兽唤山后，却发现人类世界出现了恐龙。受黑暗力量召唤的阿迪，来到了人类世界，在与恐龙对峙时，天空却突然出现巨大不明漩涡洞，将阿迪以及六名战士一同吸走了。
阿迪和六名战士被漩涡吸进了神奇的阿莱达星兽基地，在这里，六名战士从太古教授口中得知了人类世界出现恐龙的原因——千帆偷走了六管能发明不同类型的恐龙龙印，计划创造全新的恐龙世界。受太古教授所托，斗龙战士肩负起找回龙印的任务，维护人类世界安全。
六名战士与六大宝贝龙成功通过了太古教授安排的考验，正式成为了全新的拍档，一起回到人世界开启全新的战斗任务。
回到人类世界的第一天，洛小熠却发现原本充满斗龙的雷古曼却变得懒洋洋的，什么都不愿意干，奇怪的是连其他斗龙战士也是如此。就在洛小熠诧异时，却无意中通过斗龙手环发出的独特光芒，发现了一只来自古裂山的小恶龙——哈巴龙。
一向有礼貌的子耀最近频频与同学、老师吵架，甚至还藐视其他斗龙战士，就在众人百思不得其解时，又一只来自古裂山的小恶龙——敌敌龙现身了。
东方末发现一向自信的卡维力无缘无故变得十分自卑，经过一番观察，发现是被来自古裂山的小恐龙——阴影龙的负能量感染了，而阴影龙的目的竟是想和东方末做朋友。
斗龙战士所读的圣龙学院宣布停课一天，原因是水灾了。正当大家因为不用上学而兴奋不已时，凯风却发现了是来自古裂山的水怪龙在作怪，于是带着加比纳回到学校和水怪龙展开了较量。
十二星龙在“阿莱达”升级完毕，获准抵达人类世界进行演习，但是初次来到人类世界的它们，没法适应人类世界的环境，一时之间丑态百出，闹出了不少笑话。
随着越来越多的古裂山小恐龙出现，蓝天画身边也出现了怪事，她发现学校最近流行跳一种奇怪的“甩手臂”舞蹈，经过一番观察发现同样是来自古裂山的旋风龙在作怪，最后森美拉用优美的舞蹈战胜了旋风龙。
斗龙战士就读的学校的图书馆闹鬼怪了，大家为了证明世上没有鬼怪，决定前往图书馆探个究竟，最后，充满智慧的百诺却发现了是来自古裂山的小恶龙——黑灵龙在作怪。
千帆抵达古裂山发明六大暴龙时，发现溜走到人类世界的古裂山小恐龙并没有回来，于是派出暴烈骇龙去到人类世界找回小恶龙们，小恶龙生命因此受到威胁。
斗龙战士在小恶龙们口中得知，千帆很可能就在古裂山。于是，在小恶龙们的带领下，狄古、阿迪、六名战士连同拍档一起穿越时空前往古裂山。但是，抵达古裂山后，斗龙战士却和小恶龙失去联系了。众人为了寻找小恶龙，进入了龙印基地。六名战士和各自的拍档却因为触摸了不同的暴龙龙印被分别传送至古裂山六大阵地。
洛小熠和雷古曼进入了龙鳞谷，当二人发现这里是一个高温密封的洞穴，并且哈巴龙好像迷失了本性，带着哀鸣龙和火柴龙一起围剿雷古曼。
凯风和加比纳进入了潜龙深潭，因为对这里不熟悉，加比纳掉进了深潭内。就在这时，失踪了的水怪龙却突然出现了，凯风以为遇到了救星，没想到水怪龙却怀疑凯风带走了它的伙伴炫冰龙，于是将他推进了深潭内。
蓝天画和森美拉被传送至古裂山的最高处——聚龙天营。二人在这里重遇了旋风龙，与此同时，聚龙天营的另一只小恶龙——大话龙也出现了，它和旋风龙一起要求蓝天画和森美拉恢复被熄灭了的木象古龙图案，否则将她们消灭。
白洛辰醒了过来，看见手里出现哈巴龙、敌敌龙、阴影龙、水怪龙、旋风龙、暴烈骇龙、大话龙、炫冰龙、哀鸣龙、火柴龙的战龙卡！！！